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  • A strategy for Cas13 miniaturization based on the structure and . . .
    In this study, we establish an Interaction, Dynamics and Conservation (IDC) strategy for protein miniaturization and generate five compact variants of Cas13 with full RNA binding and cleavage
  • 客户文献分享：Nature子刊 | 吉林大学李占军 隋婷婷 赖良学 . . .
    本研究从 蛋白质结构 的角度出发，提出了一种基于核蛋白相互作用、动态构象重组和同源保守性的蛋白质小型化IDC策略。 研究应用IDC策略生成 Cas13蛋白 的五个小型化变体，并验证Cas13的这些超小变体都介导了与WT蛋白相当的有效哺乳动物 转录物 敲低。 此外，研究设计了一个由工程化ADAR和mini-RfxCas13d组成的紧凑RNA碱基编辑器，该编辑器相对于Vx表现出强大的编辑效率，并展示了在单个腺相关病毒中包装mini-RfxCas13d。 此外，它有效地敲低了Pcsk9转录本表达。 综上所述，通过结合结构分辨率和人工智能，该策略可以推广到整个Cas13蛋白家族。 派真生物很荣幸能为该研究提供AAV 病毒包装 服务，助力开发尺寸更小的Cas13。
  • 每日文献（3）-基于结构和 AlphaFold 的 Cas13 微型化策略
    该文献介绍了一种名为“相互作用、动力学和保守性（IDC）”策略，用于蛋白质微型化，该策略涉及分析Cas酶的相互作用位点、构象变化和保守性。 利用该策略生成了五种紧凑型Cas13变体，并展示了它们与野生型酶相比具有相当的RNA结合和切割活性。 此外，研制了一种紧凑型RNA碱基编辑酶，并展示了其高效的编辑效率和RNA降解活性。 这些发现突出了一种可行的CRISPR Cas13系统微型化策略，实现了RNA的靶向降解和编辑，可用于基础研究和治疗应用。 IDC策略可应用于整个Cas13蛋白家族，为基因编辑技术的进一步优化提供了机会。 提几个问题记录下这篇文献内容 蛋白质微型化的 IDC 策略是什么？ 通过分析Cas酶的相互作用位点、构象变化和保守性来实现。
  • 基于IDC策略小型化Cas13蛋白的开发和应用-学位-万方数据 . . .
    首先，我们提出了一种基于蛋白质结构和AlphaFld2的蛋白质小型化策略——IDC策略，其目的是最大限度地使蛋白质小型化，同时保留蛋白质功能。 IDC策略是通过分析蛋白结构中蛋白-核酸相互作用、构象动力学和蛋白家族保守性而建立的。 I代表"interaction"。 Cas13蛋白在行使功能时，要经历从单一蛋白到与crRNA结合形成二元复合物，再与target-RNA结合形成三元复合物的过程。 在Cas13的整个功能发挥过程就主要围绕着RNA进行。 因此，在蛋白结构上，与RNA发生相互作用的结合位点以及支撑结合位点的支架结构单元是至关重要的。 D代表"Dynamic"。 在Cas13蛋白功能行使过程中，各个功能结构域有不同程度的变构活动。
  • 我国科学家开发出微型化的Cas13，有望简化基因编辑 - 腾讯网
    在一项新的研究中，中国吉林大学遗传学者李占军教授和他的课题组通过剔除不必要的部分，将Cas13d酶微型化，然后利用一种名为AlphaFold2的人工智能平台可视化观察其他的Cas13d和Cas13b酶的结构，并将它们微型化。 他们发现这些微型化的酶和它们的野生型酶一样有效。 相关研究结果近期发表在Nature Communications期刊上，论文标题为“A strategy for Cas13 miniaturization based on the structure and AlphaFold”。 华盛顿大学遗传学者Jeffrey Chamberlain（未参与这项新的研究）说，“没有多少例子表明，蛋白可以缩小到更小的尺寸，但仍能发挥作用。
  • Precise RNA targeting with CRISPR–Cas13d - Nature
    Using low-copy Rfx Cas13d in transcriptome-scale and combinatorial pooled screens, we achieve high on-target knockdown without extensive collateral activity Furthermore, analysis of a
  • A versatile CRISPR-Cas13d platform for multiplexed transcriptomic . . .
    Cas13d is a compact CRISPR effector with RNA-guided RNA endonuclease activity 37, 38 Unlike Cas9, Cas13d does not bind or cut DNA 37 Rather, it complexes with a CRISPR-associated RNA (crRNA) containing a programmable ∼23-nucleotide spacer that guides the ribonucleoprotein (RNP) to RNA transcripts for sequence-specific degradation without
  • Cas13d：转录组工程中靶向RNA的CRISPR酶 - 知乎
    Cas13d CRISPR阵列处理是稳定的，CasRx和未处理或处理的gRNA阵列 (22nt间隔区, 30nt直接重复)介导有效的敲低。 通过CRISPR阵列的多路复用，CasRx对4个靶点的敲低率均达到90 %以上，包括2个mRNA和2个核内长的非编码RNA。 Cas13d酶的一个有趣的特点就是它们的切割模式：当guide结合在目标RNA上时，EsCas13d产生非常相似的切割产物，这表明该酶在离目标区域可预测的距离上没有发生切割。 Konermann等人的研究表明EsCas13d倾向于在尿嘧啶处切割，但对这种切割模式的更详细的探索是十分必要的。




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